基因组流行病学与实践

course code：1802040710X1P6001H 英文名称：Genomic Epidemiology and Practice course period：30 credit：1.00 course attribute：实践课 course lecturer：宋述慧等

在实践中使学生对典型的基因组流行病的病原检测原理、病原溯源技术、传播路线推演、病原特性研究、病原发展预警预测等有一个基本的体验和认识，通过结合典型案例的分析实操，对学生进行生物信息基本操作技能的训练，培养学生实践创新和解决问题的能力。通过本课程的学习应达到一下要求：
（1）熟练掌握基因组流行病学常见生物标记的鉴定与分析方法工具，熟悉基因组流行病学研究相关数据库功能模块；
（2）了解基因组流行病学研究的主要方法，常用的软件工具，并有初步的操作技能

基因组学

第一章 分子流行病学 3学时 宋述慧
第1节 概述
第2节 主要研究内容
第3节 常用技术方法及应用实例
第二章 常见生物学分子标记及其在在流行病学中的应用 3学时 宋述慧
第1节 生物分子标记种类、定义及特性
第2节 生物分子标记在传染病中的应用
第3节 生物分子标记在非传染病中的应用
第三章 基因组序列分子标记及鉴定分析实操 3学时 宋述慧
第1节 基因组分子标记及特征
第2节 序列变异标记的鉴定方法及流程
第3节 序列变异鉴定实操练习
第四章 基因组流行病学研究相关数据库介绍 3学时 宋述慧
第1节 传染病类基因组资源信息库
第2节 其他分型等应用平台
第3节 基因分型实操练习
第五章 基于全基因组关联研究的病因发现及推断 3学时 宋述慧
第1节 全基因组关联研究
第2节 疾病易感性研究
第3节 关联研究实操练习
第六章 基于宏基因组数据的病原微生物基因组鉴定 3学时 宋述慧
第1节 宏基因组和宏转录组测序mNGS
第2节 基于宏测序数据病原微生物的鉴定方法
第3节 宏基因组数据分析实践练习
第七章 分子进化及系统树构建 3学时 李明锟
第1节 生物进化的分子基础
第2节 系统发育树构建
第3节 基于系统发育树的演化监测和追踪
第4节 实操练习
第八章 分子进化及单体型网络演化 3学时 李明锟
第1节 单体型概念
第2节 单体型网络构建算法及软件平台
第3节 单体型网络监测追踪及实操练习
第九章 传染病病原溯源研究方法与案例实操 3学时 李明锟
第1节 病原体溯源方法与技术
第2节 病原传播路线推演
第3节 病原突变特性研究及实操练习
第十章 慢性非传染病及传染病防治与案例实操 3学时 李明锟
第1节 恶行肿瘤流行特征及预防策略措施
第2节 糖尿病等慢性病的流行特征及预防策略措施
第3节 结课报告

宋述慧，女, 博导，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心），主要研究方向 生物信息学：基因组变异及RNA转录调控
李明锟，男，博导，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心），主要研究方向 病原微生物的精准检测技术